Отказаться от использования широко распространенных CMS, особенно с открытым исходным кодом. Не сваливать в один сайт совместно с CMS форумы, гостевые книги, чаты.
mefi на укозе реально можно только требовать от пользователей создавать сложные пароли, ведь у тебя нет доступа к коду cms укоза. И соответственно какие скрипты там менять? Кстати сама по себе безопасность на укозе не так уж плоха.